Rutten se brzo snašao i preuzeo PSV Eindhoven

Rutten će tako preuzeti momčad od zamjenskog trenera Dwighta Lodewegesa, koji dužnost privremeno obnaša otkad se s klupe u siječnju, razočaran ovosezonskim rezultatima, povukao Huub Stevens.
- Dobar je osjećaj vratiti se natrag u klub u kojem sam proveo pet lijepih sezona. U tom smo periodu doista polučili niz lijepih rezultata - izjava je Ruttena objavljena na službenim internetskim stranicama kluba iz Eindhovena.
Kao pomoćni je trener Rutten radio u PSV-u od 2001. do 2006. godine. Pomogao je Guusu Hiddinku u osvajanju naslova prvaka 2005. i 2006. godine, te u sjajnoj sezoni u Ligi prvaka 2004/2005, koju su Nizozemci završili u polufinalu, nesretnim i nezasluženim porazom od Milana.
Ove je sezone velika momčad zapala u tešku krizu nakon četiri osvojena naslova u nizu. Za vodećim AZ Alkmaarom, koji je nadomak drugom naslovu prvaka u klupskoj povijesti, igrači s Phillips stadiona zaostaju čak 21 bod i na petom su mjestu.
Prošlog je mjeseca Rutten dobio otkaz u Bundesligašu iz Gelsenkirchena, koji je počeo trenirati prošlog ljeta stigavši iz nizozemskog Twentea. Klub iz Enschedea Rutten je doveo u Ligu prvaka, no u Gelsenkirchenu se nije pokazao dobrom akvizicijom.