Uoči Domovinskog rata u Hrvatskoj, službenici SPC su zastupali velikosrpsku platformu inzistirajući da područje na kojima žive Srbi ne mogu ostati u sastavu Hrvatske, već se moraju naći u istoj državi sa Srbijom i "svim srpskim krajinama".[6] U jeku jugoslavenske krize, Atanasije Jevtić i Amfilohije Radović javno traže spajanje "svih srpskih krajeva" u Ujedinjene srpske zemlje.[11] Predstavnici srpske crkve su novu hrvatsku državu odmah usporedili sa ustaškom Nezavisnom Državom Hrvatskom. Od početka rata u Hrvatskoj, svi episkopi čije su se eparhije nalazile u Hrvatskoj prelaze u Beograd, ili na područja pod srpskim nadzorom. U "Pravoslavlju" je 15. ožujka 1991. godine objavljen tekst vladike Lukijana slavonskog pod naslovom "Protusrpsko nastupanje ustaške države". Crkveni tisak je mnogo uradio na uvjeravanju srpskog naroda u ustaštvo novih hrvatskih vlasti. Tih godina mnogi iz SPC spominju kolektivnu odgovornost Hrvata za genocid u NDH.[9] Početkom travnja, episkop Nikanor javno istupa navodno promovirajući velikosrpsku ideologiju krvi i tla: Wikicitati „Tamo gdje se prospe srpska krv i gdje padnu srpske kosti to mora biti srpska zemlja.[13]”