Suspendirao je fratra koji je tvrdio da mu se Gospa ukazala četrdeset tisuća puta i koji je imao vezu s časnom sestrom pa raščistio priču o Međugorju utemeljivši komisiju u kojoj je bio i kardinal Bozanić...
Papa Benedikt je znao sve tajne o čudima, vidjelicama, ali i o skandalima u Međugorju...
Za papu Benedikta XVI. može se s velikom sigurnošću reći da je znao sve tajne Međugorja. Kako one koje se koriste kao argument da ga Katolička crkva i službeno prizna kao svetište, tako i one zbog kojih to Vatikan nikad nije učinio, a po svemu sudeći i neće. I prije nego što je postao papa, kardinal Ratzinger je znao javno iznijeti stav o Međugorju: Vatikan ga "neće guštiti" (baš je to izgovorio kao prefekt Zbora za nauk vjere u razgovoru s pokojnim međugorskim župnikom fra Slavkom Barbarićem 1991. godine u Linzu), ali je jasno davao do znanja i kako je previše sumnji u autentičnost ukazanja da bi se i službeno Međugorje priznalo.
Takav je stav zadržan do dana dašnjeg i teško će biti mijenjan. Vatikan ne dvoji da Međugorje, kao svetište hodočasnika iz cijelog svijeta, vjernicima daje pozitivnu energiju i nadhnjuje ih u vjeri, ali sumnje u priče o ukazanjima su odveć snažne.