Rajko Magić u HNL-u je kao trener vodio 135 utakmica. Počeo je u Šibeniku 1995. godine, nakon toga vodio je Hrvatski dragovoljac, potom opet Šibenik, pa Istru, Čakovec, Kamen Ingrad, Slaven Belupo, Dinamo i na kraju Inter. U Dinamu je bio pomoćnik Branka Ivankovića, a samostalno je vodio utakmicu u Zaprešiću, 4. kolovoza 2007. kada je Dinamo pobijedio 4-0 golovima Mandžukića, Modrića, Jerteca i autogolom Skulića.

Dio trenerske karijere proveo je kao trener Slaven Belupa. Bilo je to 2002. godine, a u svom mandatu pobijedio je Hajduk u Koprivnici 1-0, golom Roya Ferenčine. Na klupi Hajduka tada je sjedio Zoran Vulić. Bio je to Hajduk u kojem su igrali Darijo Srna, Ante Miše, Mato Neretljak, Petar Krpan...

Rajko je danas stručni komentator na HNTV-u, a komentirao je i kiks Hajduka u Koprivnici, koji su praktički ispali iz utrke za naslov. 

- Hajduk je uvijek imao dosta problema s gostovanjem u Koprivnici. Sjećam se, dok sam ja bio trener, često smo govorili u klubu: "Kad je kriza i iza nas je niz loših rezultata, treba samo pričekati Hajduk u Koprivnici i nakon toga će sve izgledati ljepše. A to se definitivno potvrdilo, ne samo u ovoj utakmici, već i u prethodnim prvenstvima - rekao je Magić, bocnuvši Hajduk.

- Nije bio Hajduk pravi, a Slaven je odigrao onoliko koliko u ovom trenutku može. Nedostajali su Livaja i Kalinić, ali i Sahiti i Grgić. Hajdukova najbolja igra je kad je igrao s visoko podignutim bekovima i tranzicijom s trojicom veznih igrača u završnici. Ovaj put je to izostalo. Ne smije se baciti drvlje i kamenje na Biuka i Ljubičića, nisu dobili puno prilika u ovom prvenstvu. Da su dobili malo više prilika u trenucima kad je rezultat za Hajduk bio povoljan, možda bi u Koprivnici odigrali malo zrelije. Ovako, oni su trebali biti ti koji bi trebali riješiti utakmicu, a to jednostavno ne ide - rekao je Magić.