Najveći dio profesionalne karijere Marquez je proveo u Barceloni čiji je bio član od 2003. do 2010. godine. S katalonskim je klubom, između ostaloga, osvojio četiri naslova španjolskog prvaka i dva u Ligi prvaka.

U ljeto 2010. je prešao u Red Bullse za koje je odigrao 42 od 44 utakmice u osnovnom dijelu sezone, te ubilježio jedan pogodak i devet asistencija. Njujorški klub je u četvrtak potvrdio da je došlo do sporazumnog prekida suradnje, a iskusnom je braniču i defenzivnom veznjaku poželio sreću u nastavku karijere. Gdje će se dogoditi taj nastavak, zasad još nije poznato.

Spomenimo i da je za meksičku reprezentaciju Marquez dosad odigrao 111 utakmica, te osvojio s njom Kup konfederacija 1999. godine.