Lončarević je 1999. godine vodio tadašnju Croatiju do naslova prvaka Hrvatske, a na kraju te sezone otišao je iz kluba. Ponovno se vratio u ulozi sportskog direktora 2001. godine i zadržao se do sredine 2002. godine. Treći povratak na klupu Dinama dogodio se u studenom 2003., no zadržao se samo do travnja 2004. Već godinu i pol dana trener je Lokomotive, no na tom mjestu zadržat će se još kratko. Zdravko Mamić i vodstvo Dinama zamislili su ga kao trenera s kojim ovu sezonu izgurati do kraja.
- Ispune li se uvjeti, trebao bi preuzeti trenersko mjesto u Dinamu - rekao je Lončarević za Sportske novosti, a za očekivati je da će mu biti udovoljeno po svim pitanjima. Zdravko Mamić još ga je prošlog tjedna želio vidjeti na klupi, no Lončarević je želio ostati u Lokomotivi, projektu kojeg vodi već godinu i pol dana. Ipak, u nekoliko dana Mamić ga je privolio na promjenu radnog mjesta. Lončareviću će pomoćnik biti Krunoslav Jurčić. On je u razgovoru za Večernji list potvrdio je da su ga zvali iz Dinama, te da je pristao biti pomoćnik Lončareviću.
Puno više znat će se nakon  pressice, koja je u Maksimiru zakazana tek u 17 sati.

KUP S INKEROM, VODIO LIBIJU
Lončarević je s Inkerom 1990. godine osvojio prvi hrvatski nogometni kup. Kasnije je vodio Marsoniju, Zagreb, Slaven Belupo, Orijent, Hrvatski Dragovoljac. Bio je u dva navrata izbornik Libije, a posljednji posao u 1. HNL imao je u Osijeku, gdje se zadržao godinu i pol dana. Nakon toga preuzeo je Lokomotivu.