Iako su za iskusnog nogometaša zanimanje pokazivali Zaragoza i Roma, on se radije odlučio za klub iz Avellanede u kojem je i počeo karijeru. Potpisao je trogodišnji ugovor.

Milito je nešto ranije tijekom četvrtka raskinuo ugovor s Barcelonom koji je vrijedio do sljedećeg ljeta. U Independiente je tako došao kao slobodan igrač.

Iz istog se kluba 2003. otisnuo prema Europi, a prva mu je stanica bila Zaragoza u kojoj je ostao četiri godine. Na Camp Nou je stigao 2007., ali u četiri je godine odigrao tek 75 utakmica za aktualnog europskog prvaka. Godine u Barceloni su mu obilježile ozljede, a najtežu je zadobio u dvoboju protiv Manchester Uniteda u polufinalu Lige prvaka 2008. Završio je na operaciji koljena nakon čega je 18 mjeseci izbivao s travnjaka.

Za argentinsku je reprezentaciju Milito odigrao 42 utakmice.