Gotovina je odbio primiti optužnicu (koja je dostupna na jednoj od vanjskih poveznica) te se dao u bijeg. Kako je Europa uvjetovala hrvatsko pristupanje Uniji suradnjom sa Haaškim sudom i napose izručenjem generala Gotovine, otada traje intenzivna potraga za odbjeglim generalom. Hrvatska je cijelo vrijeme tvrdila da Gotovinu ne može pronaći i da se on ne nalazi na njezinu teritoriju. Povremeno su se pak pojavljivale vijesti o tome da je Gotovina viđen na raznim mjestima u Hrvatskoj, BiH, pa i nekim drugim zemljama.
Glavna haška tužiteljica i sama je često izjavljivala da se bjegunac, prema njenim informacijama, skriva u Hrvatskoj.
GODINU I POL BIO U LAS PALMASU
Gotovina je, nakon dugogodišnjeg skrivanja, uhićen na Kanarskim otocima (Španjolska) 7. prosinca 2005. Agenti POE otkrili su da se Gotovina tamo skrivao punih godinu i pol dana prije uhićenja. Tada su otkrili prvu njegovu stalnu lokaciju, grad Las Palmas.
Gotovina je tjednima prije uhićenja na jahti kružio Kanarskim otočjem. Nekoliko dana prije samoga uhićenja, stigao je na Tenerife u pratnji australskog Hrvata Joze Grgića 'Jablana'. Nakon što su proveli posve "običan" dan na Tenerifima, general i Jozo Grgić Jablan spustili su se na večeru u restoran hotela Bitacora u kojem su odsjeli. Nisu naručivali ništa posebno nego su pojeli nešto hrane koja je bila ponuđena na švedskom stolu.
GRGIĆA PUSTILI NAKON NEKOLIKO SATI
Poslije večere naručili su butelju crnog vina. Policija ih je uhitila prije nego što su ispili posljednju čašu izvrsnog Marques de Caceresa. Kada su se navečer spustili u restoran hotela Bitácora, hotela s 4 zvjezdice u kojem je general tih dana prebivao, u 21.10 prišlo im je 8 službenika španjolske policije i uhitilo ih. Grgić je nakon nekoliko sati pušten.
GOTOVINA KOD SEBE IMAO 12.000 EURA
Gotovina je u trenutku uhićenja imao 12.000 eura gotovine uz sebe. Nakon uhićenja, Gotovina je prebačen u najluksuzniji španjolski zatvor Soto del Real, 40-ak km od Madrida. Pretpostavlja se kako je general bio izdan, iako je čudna činjenica kako je za prijavu u hotelu Bitácora koristio putovnicu na ime Kristijan Horvat, za kojega se već odavno zna kako je jedan od njegovih lažnih identiteta, te je upravo ta činjenica bila ključna za generalovo uhićenje. Gotovina je 9. prosinca prebačen u UN-ov zatvor u Scheveningenu (Nizozemska). Vijest o uhićenju, Dunja Gotovina dočekala je u obiteljskom domu u zagrebačkoj četvrti Srednjaci nakon čega je kuću napustila zajedno sa sinom. Vijest je doživjela kao veliko iznenađenje i emocionalni šok.