Zlatko Komadina u Milanovićevoj Vladi obnašao je dužnost ministra pomorstva, prometa i infrastrukture. Ostavku na ministarsku funkciju dao je 4. travnja 2012. godine zbog zdravstvenih razloga, a nagađalo se da nema dobar odnos s premijerom Zoranom Milanovićem. Naslijedio ga je Siniša Hajdaš Dončić.
Holy dala ostavku zbog 'političke štete'
Mirela Holy bila je ministrica zaštite okoliša i prirode do 7. lipnja 2012. godine. Ponudila je ostavku ocijenivši da je nanijela političku štetu Vladi nakon što je procurio e-mail koji je poslala predsjedniku uprave HŽ-a Reneu Valčiću, a u kojem ga je zamolila da poštedi otkaza Heidu Maziju, suprugu svog stranačkog kolege Gorana Mazije. Nakon što je mail procurio u javnost Holy je objasnila da nije tražila da se nekoga zaposli, već je samo apelirala da se Maziju politički ne šikanira. Ipak, na kraju je podnijela ostavku jer je, kako je izjavila, nanijela štetu Vladi. Naslijedio ju je Mihael Zmajlović.
Čačić služi zatvorsku kaznu zbog prometne nesreće
Nakon što ga je mađarski sud osudio na zatvorsku kaznu, Vladu je napustio njezin prvi potpredsjednik i ministar gospodarstva Radimir Čačić. On je dobio 22 mjeseca kazne za izazivanje prometne nesreće u Mađarskoj u kojoj je poginulo dvoje ljudi. Prizivni sud u Kaposvaru odlučio je kako Čačić mora odslužiti 11 mjeseci zatvora, dok ostatak kazne može dobiti uvjetno.
Nakon odlaska Čačića, njegovo mjesto ministra gospodarstva zauzeo je dotadašnji ministar graditeljstva i prostornog uređenja Ivan Vrdoljak. Njega je naslijedila zamjenica Anka Mrak Taritaš.
Veljko Ostojić otišao zbog afere sa zemljištem
Sada bivši ministar turizma Veljko Ostojić dao je ostavku u ožujku 2013. godine zbog afere s prenamjenom i kupoprodajom zemljišta u Balama. Tada je izjavio kako se na njega "vrši pritisak" što mu onemogućava da posao obavlja "na razini profesionalnosti" koji je uspostavio sa svojim timom. Naslijedio ga je Darko Lorencin.
Slavko Linić tako je peti ministar koji je smijenjen ili dao ostavku u Vladi Zorana Milanovića koja je na vlasti nešto više od polovice četverogodišnjeg mandata.