Ivo Pukanić u zadnje je vrijeme otvorio temu ulaska srpskog podzemlja na hrvatsku scenu. Prema napisu Nacionala, Sreten Jocić zvani "Joca Amsterdam" pokušao je preuzeti poslove Vladimira Zagorca u Hrvatskoj, vrijedne 300 milijuna kuna. Riječ je o najopasnijem kriminalcu u današnjoj Srbiji, a počelo ga se u hrvatskim medijima spominjati nakon ubojstva Ivane Hodak. Nacional je prije njezina ubojstva objavio tekst o tome kako su Ivanine veze s Ljubom Pavasovićem Viskovićem propali poslovi preuzimanja Zagorčevih poslova. O pokretanju Nacionala postoje brojne kontroverze jer Pukanić za to navodno nije imao dovoljno novca. Kao glavni izvori novca spominju se Pukanićeva punica, bankar Neven Barač, a Pukanićevi protivnici su često spominjali i Hrvoja Petrača. Pukanićevu usponu pripomogli su brojni utjecajni prijatelji - američki ambasador William Montgomery, predsjednik Stipe Mesić i njegov obavještajac Željko Bagić. Pukanić se hvalio i prijateljstvom s Vladimirom Zagorcem, Hrvojem Petračem, Mladenom Bajićem, crnogorskim plejbojem Ratkom Kneževićem i brojnim drugim ljudima, od obavještajnog podzemlja do društvene elite. Lista neprijatelja nije znatno kraća. Dubravko Šmigmator, bivši muž Sine Karli, urednice Nacionala, tvrdi da mu je Pukanić preoteo ženu i pokušao ga pregaziti Mercedesom. Šmigmator je tvrdio da mu je Pukanić prijetio Petračem. Mnogi su protivnici Pukanića optuživali za medijski reket. Pukanića mrzi i Cane Subotić, često prozivan zbog šverca cigareta u Srbiji i Crnoj Gori kojeg je Pukanić nizom tekstova objavljenih u Nacionalu i javno prozvao. Pukanićevi neprijatelji su i Ivić Pašalić te Miroslav Kutle. Ivu Pukanića često je napadao i Josip Radeljak. Ivo Sanader bio je Pukanićev prijatelj, ali je teško povjerovati da je to ostao nakon Petračevih pisama. Naime, u pismima je Petrač optužio Sanadera da je primio mito za Brodosplit te je otkrio kako je Pukanić kroz Nacional pritiskao vlast da puste Petrača na miru.

PUKANIĆ JE U OŠTROM SUKOBU SA ZAGORCEM
Pukanić, Hrvoje Petrač i Vladimir Zagorec bili su prijatelji sve dok između Petrača i Zagorca nije puknulo. Pukanić je ostao prijatelj s Petračem, no ne i sa Zagorcem. Nakon napisa koje je Nacional objavio protiv Zagorca, Zagorčev odvjetnik Gabriel Lansky izjavio je da je Petrač suvlasnik Nacionala. Pukanić ga je potom nazvao lažljivcem i mitomanom, koji je prolupao od straha.

PUKANIĆU SU PRIJETILI MNOGI
Nepoznati napadač svojedobno je na Pukanića nasrnuo nožem. Ćiro Blažević izjavio je kako bi novinare Nacionala na čelu s Pukanićem trebalo pobiti ili mlatiti bejzbol-palicom. Dikan Radeljak prijetio mu je objavom tračeva o ljubavnoj vezi sa Sinom Karli nakon što je Extra objavila tračeve o njemu. Više puta Pukanića je, prema njegovim riječima, pratila tajna policija.

I PUKANIĆ JE PRIJETIO MNOGIMA
Dubravko Šmigmator, bivši muž Sine Karli, tvrdi da ga je Pukanić pokušao pregaziti Mercedesom i da mu je prijetio Petračem. Dikan tvrdi da mu je Puki prijetio smrću i da se boji za život. Pukanić je prijetio i Sanji Sarnavki, Iviću Pašaliću, kojemu je rekao da će mu “doći glave”, što god to značilo. Dobio je nepravomoćno dva mjeseca uvjetno.

ISLAMSKI TERORISTI
Pukanić je bio jedini nakladnik na prostorima bivše Jugoslavije koji je kao neke danske novine objavio Muhamedove karikature na kojima umjesto turbana nosi bombu. Neki mediji navode da se Pukanić možda zamjerio i islamskim teroristima.