Optužnica ga tereti da je od siječnja do kraja srpnja 1993. godine sudjelovao u širokom i sustavnom napadu HVO-a na bošnjačko civilno stanovništvo u općinama Busovača i Vitez, njihovo protuzakonito zatvaranje, zlostavljanje i uništavanje imovine. Osobito se ističe njegova odgovornost za ubojstvo 27 civila u Busovači, ali i više od stotinu civila koji su ubijeni u napadu na selo Ahmići 16. travnja 1993. godine. Ljubičić je na suđenje čekao pet i pol godina u pritvoru.