U 5.30 sati 18. rujna 1946. policajci su ušli u zgradu Nadbiskupskog dvora na Kaptolu i priveli Alozija Stepinca dok se spremao za misu.
Stepinca su optužili da je pozdravio ustaške vođe dok se jugoslavenska vojska još borila s njemačkim i talijanskim snagama te da je pozvao svećenstvo da s njima surađuje.
U optužnici je također pisalo da je pretvorio tradicionalne crkvene svečanosti i procesije u političke manifestacije za Antu Pavelića i služio misu svakog 10. travnja, na godišnjicu osnivanja NDH, ali i da je održao misu na otvaranju ustaškog Sabora. Osim toga optužili su ga i za prekrštavanje Srba u Hrvatskoj.
No, dolaskom NDH Stepinac se distancirao se od Pavelića, a za logor Jasenovac čak mu je pisao. “Ovo je sramotna ljaga i zločin, koji vapije u nebo za osvetom, kao što je sramotna ljaga čitavi Jasenovac za Nezavisnu državu Hrvatsku."
Stepinac je spašavao Židove i Srbe te protestirao protiv uhićenja. Zbog osude totalitarizma svake vrste Stepinac se zamjerio mnogima, pa su 1943. članovi ustaške grupe Tomić planirali atentat na njega - ispričao je isusovac pater Vladimir Horvat koji je prvi napisao njegov životopis “Kardinal Alojzije Stepinac - mučenik za ljudska prava”
Padom NDH Stepinac se nadao da će prestati progoni nevinih ljudi, no nova vlast nije ga dobro prihvatila. Uhitili su ga nakon što je odbio Titov prijedlog o odvajanju Katoličke crkve u Hrvatskoj od Svete Stolice, tj. uspostavu Hrvatske nacionalne crkve.
Tadašnje Javno tužilaštvo NR Hrvatske, temeljem "Zakona o krivičnim djelima protiv naroda i države", optužilo da je surađivao s talijanskim i njemačkim okupatorom te ustaškim režimom u NDH, za nasilno katoličenje pravoslavaca, za pomaganje ustaškom režimu, ali i neprijateljsku propagandu nakon kraja rata.
'Moja savjest mirna, makar se publika tome smijala'
Montirani sudski postupak bio je brz, uz bučno odobravanje pune sudnice, a Stepinac je osuđen na 16 godina zatvora i prisilnog rada, te petogodišnji gubitak političkih i građanskih prava.
Presudu je 11. listopada 1946. donio Vrhovni sud koji ga je proglasio krivim po svim točkama optužnice.
Na suđenju Stepinac je izjavio: “Na sve tužbe, koje su ovdje protiv mene iznesene, odgovaram da je moja savjest mirna, makar se publika tome smijala. Sada se ne kanim braniti niti apelirati protiv osude. Ja sam za svoje uvjerenje sposoban podnijeti ne samo ismjehivanje, prezir i poniženje, nego – jer mi je savjest čista – pripravan sam svaki čas i umrijeti.”
Pod pritiskom svjetske javnosti 1951. premješten je u kućni pritvor, u župni dvor u Krašiću, gdje je ostao do smrti. Papa Pio XII. imenovao ga je 1952. kardinalom, što je dovelo do konflikta s komunističkom vlašću koja mu je ponudila da napusti Hrvatsku, no Stepinac je to odbio. U internaciji je pisao i prevodio.
Srbijanski političari: 'On je bio ustaški vikar'
Na poništenje presude Stepincu odmah je reagirao i srbijanski vrh. Aleksandar Vučić kazao je da je Stepinac "jedan od ključnih ideologa najgore nacističke vlasti na europskom tlu", a srbijanski ministar Aleksandar Vulin izjavljivao je da je Stepinac bio ustaški vikar.
- Kada je Papa Ivan Pavao II. 1998. godine proglasio Alojzija Stepinca blaženim, u teološkom ga je smislu proglasio i svetim. Blaženika naime štuje sveta crkva, a kada postane svetac, štovat će ga opća crkva, objasnio nam je svojedobno monsinjor Juraj Kolarić iz varaždinske nadbiskupije.
On smatra da je papa osnovao Mješovitu komisiju hrvatskih katoličkih i srpskih pravoslavnih stručnjaka za zajedničko razmatranje lika kardinala Alojzija Stepinca koja je djelovala godinu dana kako bi potaknuo hrvatsku i srpsku stranu na dijalog.
Naime, sastanci Mješovitog povjerenstva Srpske pravoslavne crkve i Katoličke crkve o povijesnoj ulozi hrvatskoga kardinala Alojzija Stepinca na inicijativu pape Franje održavali su se u Vatikanu. Nakon šest sastanaka od kojih se prvi održao u srpnju 2016. nije odlučeno ništa. Komisija je završila s radom u srpnju 2017. i složili su se samo oko jedne stvari - da se ne slažu.
Srpski patrijarh: Stepinac ne smije postati svetac 'zbog velikog zla koje je počinio'
Vatikan je želio da se prouče povijesni dokumenti koje su na sastanak donijele obje strane. Među njima su navodno bili i novootkriveni dokumenti u kojima stoji da je Alojzije Stepinac bio na meti ustaša i nacista zbog sprečavanja progona i prema kojima ga je Gestapo uvrstio na popis osoba koje bi trebalo uhititi kako bi se slomio njegov otpor prema režimu. Hrvatska je strana od samog početka bila apsolutno uvjerena u to da postoje svi uvjeti za Stepinčevu beatifikaciju.
Srpska pravoslavna crkva smatra da nije dovoljno glasno govorio protiv režima NDH te da je prešućivao progon Srba, Židova i Roma. Tako je srpski patrijarh Irinej Gavrilović izričito tvrdio kako Stepinac ne smije postati svetac 'zbog velikog zla koje je počinio' te je govorio kako je Stepinac 'svesrdno podržao stvaranje NDH, hvalio njezino vodstvo i višestruko sudjelovao u stvaranju atmosfere netolerancije koja je vladala u toj državi'.
Na komemoraciji u Donjem Gradinu u travnju 2017. u svom govoru između ostalog rekao: 'Vapaj ovog naroda ovdje čuo se do neba, ali ga kardinal zagrebački nije čuo. Tri do četiri godine taj je vapaj odavde dolazio, ali ne i do onih koji su trebali da ga čuju, ai i ako jesu, pravili su se da ga ne čuju...
Davor Trbušić, iz tiskovnog ureda Zagrebačke nadbiskupije, s kojim smo razgovarali prije dvije godine, smatra kako se odluka o kanonizaciji ne može odgoditi. Papa će morati odlučiti je li Stepinac svet.
- Teološka komisija je gotova s radom kako je i bilo zacrtano. Rekli su svoje i sada je sve na Papi - rekao je Trbušić.
- Ono što je sigurno je da će kanonizacija imati određene posljedice na hrvatsku i srpsku crkvu - rekao je Trbušić i zaključio: 'Neovisno o odluci, mislim da će se i za 50 godina voditi debate o tome. Oko nekih povijesnih stvari se nikada nećemo složiti sa Srbima'.
Papa: Ispunit ću svoje obećanje, proglasit ću ga svetim
Tadašnja zastupnica u Europskom parlamentu Marijana Petir susrela se 2018. u Vatikanu sa Svetim Ocem Franjom tijekom posebne audijencije za sudionike Međunarodne mreže katoličkih zakonodavaca. Povodom dvadesete godišnjice beatifikacije blaženog Alojzija Stepinca, Petir je Svetom Ocu darovala knjigu o Stepincu talijanskog profesora Piera Luigija Guiduccija. U kratkom osobnom razgovoru papa Franjo i Marijana Petir razmijenili su i nekoliko misli o Stepincu.
Židovska povjesničarka: Nevin je stradao!
Američka povjesničarka židovskog podrijetla dr. Esther Gitman smatra da je Stepinac u spašavanju Židova pokazao veliku hrabrost te je 2015. godine objelodanila niz dosada nepoznatih povijesnih dokumenata koji pokazuju kardinalovu dosljednost i ustrajnost u spašavanju ugroženih, posebice Židova, tijekom Drugoga svjetskog rata.
Škola Alojzija Stepinca u New Yorku
U New Yorku od 1948. postoji škola Alojzija Stepinca, u kojoj su nauk hrvatskog blaženika proučavali poznati glumci, sportaši, biznismeni. Oscarovac Jon Voight i glumac Alan Alda (najpoznatiji po glavnoj ulozi u seriji “M.A.S.H.”) su davnih pedesetih godina prošlog stoljeća bili polaznici katoličke Srednje škole nadbiskupa Stepinca u gradu White Plains u američkoj saveznoj državi New York. Upravo su u toj školi stekli prva značajnija glumačka iskustva i utabali svoj put u američki glumački vrh jer je škola od samog početka nudila i kvalitetnu dramsku nastavu.