U pritvoru od 24. veljače 2003. godine, vođa srpskih radikala Vojislav Šešelj postupak pred Međunarodnim kaznenim sudom za bivšu Jugoslaviju (ICTY) iskoristio je za ismijavanje haškog suda i opstruiranje postupka u kojem mu se sudilo za ratne zločine u Hrvatskoj i BiH i protiv vojvođanskih Hrvata koje je počinio među ostalim i huškačkim govorima.
Njegovo suđenje za ratne zločine počelo je u studenome 2007. godine nakon što je štrajkom glađu iznudio odobrenje da se brani sam. Suđenje Šešelju završilo je u ožujku 2012. nakon nešto više od četiri godine izvođenja dokaza.
Od prvog dana suđenja kada je pozvao sud da ga, zbog njegove nacionalističke ideologije, osudi na najveću moguću kaznu poručivši da njegovoj "besmrtnoj duši ne mogu ništa" i da će "ako umre najvjerojatnije umrijeti od smijeha", vođa srpskih radikala postupak protiv sebe u haaškoj sudnici ustrajno je pokušavao izvrgnuti ruglu nazivajući sud plodom urote u kojoj su se prema potrebi smjenjivale države poput Vatikana, Njemačke, Britanije, SAD-a, a suđenje "kvazilegalnom farsom" i "pravnim skandalom bez presedana u novijoj pravnoj povijesti".
Šešelj se kontinuirano sa sucima svađao oko financiranja svoje obrane, tražio njihovo izuzeće zbog pristranosti a sebe nazivao "najvećim neprijateljem haškoga suda". Iako profesor prava na beogradskom sveučilištu, Šešelj je sabotirao suđenje tvrdnjama da ne razumije optužbe jer mu je uskraćena pravna pomoć.
Tvrdio je da mu sud na ime troškova obrane duguje 1,4 milijuna eura, tražio da mu Sud isplati odštetu od 12 milijuna eura zbog dugotrajnog pritvora najavljujući da će u slučaju "odugovlačenja s isplatom" svoj odštetni zahtjev uvećavati do iznosa od sto milijuna eura.
Šešelj je neumorno pisao zahtjeve sudu i dogurao do više od 500 rukom pisanih podnesaka na ćirilici.
On je sucima prigovarao da u pritvoru dobiva "hranu koju ni svinje ne bi jele" pa se zato hrani konzervama i čokoladom od kojih se udebljao, a nije se ustručavao čak ni donijeti zapakirani pritvorski ručak u sudnicu tražeći od predsjedavajućeg suca da ga primi kao dokaz ili makar proba.
Suđenje je iskoristio i za sukobljavanje s tužiteljstvom, koje je oslovljavao nebiranim riječima, pa je tako i podnio zahtjev za pokretanjem postupka protiv bivše glavne haške tužiteljice Carle del Ponte, o kojoj je napisao knjigu "U čeljustima Kurve del Ponte" i njezinih suradnika zbog navodnih pritisaka na svjedoke od kojih se, prema Šešeljevim tvrdnjama, tražilo da svjedoče protiv njega, no to je sud odbio kao neutemeljeno nakon provedene istrage.
U završnim riječima sucima je ironično 'otkrio' kako se nije dobrovoljno predao nego je u Haag doputovao kako bi realizirao zajednički projekt s nizozemskom kraljicom, no u tome je onemogućen zbog uhićenja u zračnoj luci gdje ga je umjesto počasne garde i intoniranja himni, koje je očekivao, dočekalo stotinjak policajaca. U završnim riječima uspio je sudskom vijeću pročitati skoro čitavi tekst Marseljeze.
Iako je istaknuo da nema pravnih osnova za osuđujuću presudu Šešelj je na kraju završnih riječi sucima prevođenim predsjedavajućim Jeanom Claudeom Antonettijem poručio da je u skladu s očekivanjima "gazda suda" u njegovu slučaju doživotna kazna zatvora primjerena. Nakon toga zatražio je ukidanje pritvora i najavio da iz Haaga ide "direktno u slavu".
Tijekom boravka u pritvoru ugrađen mu je defibrilator zbog srčanih tegoba a na kraju je na privremenu sklobodu pušten zbog raka debelog crijeva koji je metastazirao na jetra.
Čak i svoje zdravstveno stanje iskoristio je kao povod za iznošenje bizarnih tvrdnji da američka, britanska i francuska obavještajna služba već godinama "upravljaju njegovim zdravljem" te da sumnja da se radiovalovima utječe na rad njegova srca. Zbog njegovih tvrdnji da ga se truje u pritvoru sud je proveo testove krvi na dvije tisuće potencijalnih otrova koji su svi bili negativni.
U svom obračunu sa sudom uspio je 2013. kada je, na njegov zahtjev, iz vijeća izbačen sudac Frederik Harhoff zbog pristranosti. Šešelj se tada pozvao na pismo u kojemu je sudac kritizirao oslobađajuće presude suda, među ostalima i hrvatskim generalima Anti Gotovini i Mladenu Markaču, te srbijanskome generalu Momčilu Perišiću, sugerirajući da je predsjednik Haškoga suda Theodor Meron pod pritiskom zapadnih sila poput SAD-a i Izraela donio te presude.
U haškom pritvoru napisao je i knjigu "Rimokatolički zločinački projekat veštačke hrvatske nacije".
Šešeljeva presuda trebala se objaviti još 30. listopada 2013. no njezino izricanje je odgođeno nakon što je iz raspravnog vijeća isključen sudac Harhoff. Novom sucu Mandiayeu Niangu trebalo je gotovo godinu i pol da prouči predmet.
Uz glavno suđenje za ratne zločine protiv Šešelja su vođena i tri suđenja zbog nepoštivanja suda u kojima je osuđen na 15 mjeseci, 18 mjeseci i dvije godine zatvora jer je objavljivao povjerljive podatke iz predmeta pred ICTY-ijem uključujući o zaštićenim svjedocima.