- Županijsko državno odvjetništvo u Zagrebu podiglo je 8. lipnja 2011. optužnicu protiv Tomislava Merčepa zbog kaznenog djela ratnog zločina protiv civilnog stanovništva iz članka 120. u vezi s člankom 28. Osnovnog krivičnog zakona Republike Hrvatske (po zapovjednoj odgovornosti). Presudom Županijskog suda u Zagrebu od 12. svibnja 2016. okrivljeni je proglašen krivim te osuđen na kaznu zatvora u trajanju od pet (5) godina i 6 (šest) mjeseci. Vrhovni sud Republike Hrvatske dana 2. veljače 2017. preinačio je presudu suda prvog stupnja u odluci o kazni te okrivljenog osudio na kaznu zatvora u trajanju od sedam (7) godina.
Tom je presudom Tomislav Merčep, između ostalog, osuđen što je, obnašajući dužnost savjetnika u Ministarstvu unutarnjih poslova, iako je znao da njemu podređeni pripadnici postrojbe stacionirane u Pakračkoj Poljani i dijelom u Zagrebu, nezakonito postupaju vršeći neosnovana uhićenja, pljačkaju i zlostavljaju civile te ih ubijaju, nije poduzeo mjere da takva ponašanja spriječi, pa su njemu podređeni pripadnici postrojbe, između ostalog, dana 7. prosinca 1991. u Zagrebu, u Poljičkoj ulici naoružani došli u kuću Mihajla Zeca usmrtili ga, a potom su tijekom noći 7./8. prosinca 1991., koristeći kombi vozilo Ministarstva unutarnjih poslova, odvezli njegovu suprugu Mariju Zec i malodobnu Aleksandru Zec na Sljeme i tamo ih usmrtili kod planinarskog doma, koji je tad korišten za smještaj pripadnika iste postrojbe - stoji u ispravku Županisjkog državnog odvjetništva u Zagrebu.