Za vrijeme Prvog svjetskog rata Rupert Mayer dragovoljno se javio da bude vojni kapelan. Najprije je bio stacioniran u bolnicama, a kasnije se, na svoju inicijativu, pridružio vojnicima na prvoj crti bojišnice. Kad god bi se na bojištu odvijale bitke Mayer bi bio među vojnicima puzeći po zemlji zajedno s njima. Tješio bi ih, molio za njih i dijelio im sakramente te tako stekao veliko poštovanje među vojnicima svih vjeroispovijesti.
Kad bi ga upozorili da nepotrebno dovoditi u opasnost svoj život on bi im mirno odgovorio: 'Moj život je u Božjim rukama'.
Krajem 1915. zbog svoje hrabrosti i požrtvovnosti odlikovan je Željeznim križem. Godinu dana poslije, u prosincu 1916., izgubio je lijevu nogu nakon što je ranjen u jednom granatiranju.
Rupert Mayer rođen je 1876. u Stuttgartu, u trgovačkoj obitelji s petero djece. Nakon završene osnovne i srednje škole, završio je fakultet filozofije i teologije. u Freiburgu u Švicarskoj. Zaređen je za svećenika 1899. u tadašnjoj Austro-Ugarskoj te je stupio u tamošnju provinciju Družbe Isusove.
Nakon što je u ratu izgubio nogu nije klonio duhom. Vratio se u München i nastavio pastoralni rad a njegova popularnost s godinama je rasla. Bio je velikodušan i uvijek dostupan svima.
Nacisti ga uhitili i poslali u logor
Kad su nacisti 1933. došli na vlast Mayer je nastavio propovijedati po svojoj savjesti. Gestapo ga je pratio u stopu da bi 1937. zbog propovijedanja završio u zatvoru. Tamo je proveo pola godine. Nakon toga je na sedam mjeseci prebačen u u koncentracijski logor Sachsenhausen gdje je cijelo vrijeme bio u samici kako ne bi mogao razgovarati sa ljudima
Nakon puštanja iz logora stavljen je u kućni pritvor u jedan samostan u južnoj Bavarskoj gdje nije mogao imati nikakvog kontakta sa vjernicima. Doživotno mu je zabranjeno obraćanje javnosti i propovijedanje. Nacisti su ga pustili jer su se uplašili kako će, zbog njegove popularnosti, u logoru postati mučenik.
Američke postrojbe je dočekao u samostanu u Bavarskoj krajem svibnja 1945. Samo pola godine kasnije na blagdan Svih svetih dok je držao svetu misu doživio je moždani udar i umro.
Pokopan je na groblju u Pullachu, a potom su 1948. njegovi zemaljski ostatci premješteni u München budući da su njegov grob počeli pohoditi brojni hodočasnici.
Papa Pio XII., koji ga je osobno poznavao, proglasio ga je 1956. slugom Božjim, a blaženim ga je 1987. na Olimpijskom stadionu u Münchenu. proglasio Papa Ivan Pavao II.