Papa Ivan Pavao II. je u veljači 2005. godine završio u bolnici Gemelli zbog gripe i problema s dišnim putevima, nakon što mu je početkom 90-ih dijagnosticirana Parkinsonova bolest. Protivio se eutanaziji te je strpljivo podnosio tegobe. Preminuo je prirodnom smrću 2. travnja 2005. godine u 21.37 sati u Vatikanu.
U posljednjim trenucima njegova života na Trgu svetog Petra u Vatikanu okupilo se više od 50 tisuća vjernika koji su molili za njega. Posljednja riječ koja je izašla iz usta Svetog Oca bila je 'amen', a uz njega je bio njegov osobni tajnik Stanislaw Dsiwisz.
U Hrvatskoj je povodom Papine smrti proglašena trodnevna žalost koja je trajala tijekom 4., 5. i 8. travnja 2005. godine. Vijest o smrti u cijeloj je Hrvatskoj, koju je taj svjetski hodočasnik posjetio čak tri puta, primljena s velikom tugom. Građani su se prisjetili papinih nastojanja da ujedini sve vjere i smiri tenzije. U Osijeku, Zagrebu, Zadru, Splitu, ali i u drugim mjestima, građani su se, nakon objave tužne vijesti, spontano okupili u crkvama. U Osijeku su građani palili svijeće i molili se u katedrali. Zadrani su svijeće palili na povijesnom Forumu, uz crkvu Svetog Donata, a Splićani su se pomolili u katedrali Sv. Dujma. Tamo je nadbiskup splitsko-dalmatinski msgr. Marin Barišić služio misu zadušnicu u čast Svetom Ocu. Nakon mise je u nadbiskupskom ordinarijatu otvorena knjiga žalosti, a prvi se u nju upisao tadašnji ministar znanosti Dragan Primorac.
I u Rijeci se u svetištu Majke Božje na Trsatu okupilo mnoštvo vjernika. Dr. fra Emanuel Hoško s riječkog sjemeništa prisjetio se kako je Sveti Otac do svog zadnjeg časa pomagao Hrvatskoj. Na svim su crkvama u Lici bile izvješene papinske zastave. U svim su se gospićko-senjskim župama služile mise zadušnice. Lika je bila u žalosti i tuzi, a tako je primljena i vijest o Papinoj smrti u Đakovu. Sijeće su se palile u crkvama, ali i na prozorima domova. Papinska zastava ispred Biskupskog doma spuštena je na pola koplja. U Zagrebu su građani počast omiljenom Papi odali na Kamenitim vratima i molitvom u katedrali.
- Mnogo će se toga promijeniti za Hrvatsku, papa se najviše zalagao za nas. Beskrajno sam mu zahvalan. Tužan sam kao da sam izgubio brata. Nadam se da će se novi papa zalagati za mlade ljude kao što je to činio Papa. Bio je pastir mira – samo su neki od komentara građana koji su te godine bili duboko pogođeni papinom smrću.
Dane žalosti proglasile su i druge zemlje svijeta. Žalovanje u Paragvaju trajalo je pet dana, u Kostariki četiri, Italija, Hrvatska, Kuba, Čile i Portugal imali su tri, a Peru je imao jedan dan žalosti. Sućut povodom Papine smrti iskazali su i Dalaj Lama, dužnosnici Ruske Pravoslavne Crkve, službena Kineska Katolička Crkva, koju Vatikan inače ne priznaje, te vlasti Kube i talibani koji su tim povodom poručili da je papa Ivan Pavao II. bio uspješan u zaustavljanju progona muslimana.
Papino tijelo bilo je izloženo u dvorani Klementina Apostolske palače u Vatikanu, a zatim su ga izložili u Bazilici Svetog Petra. Odar jednog od najomiljenijih poglavara Katoličke crkve pohodilo je, prema nekim procjenama, oko četiri milijuna ljudi. Na dan pokopa, 8. travnja 2005. godine, njegovo je tijelo bilo položeno u lijes od čempresa. Lice mu je bilo prekriveno bijelim velom od svile, a u lijes je položena olovna tuba s njegovom biografijom i medaljama koje su objavljivane na svaku godišnjicu njegova pontifikata. Lijes je nosilo 12 službenika Apostolske palače, a u procesiji prema glavnom oltaru hodalo je 140 kardinala.
Pogrebnu misu predvodio je kasniji nasljednik Ivana Pavla II. i sada bivši Papa Benedikt XVI, rođen kao kardinal Joseph Ratzinger. Zvona katoličkih crkava diljem svijeta zazvonila su na početku pogrebnih obreda. Neki dijelovi mise služili su se na devet različitih svjetskih jezika. Papu Ivana Pavla II. ispratilo je oko dva milijuna hodočasnika, 180 državnih izaslanstava te ukupno 44 predsjednika država i 25 premijera. Hrvatsku delegaciju činili su tadašnji predsjednik Republike Stjepan Mesić i bivši premijer Ivo Sanader, koji je posljednji državnik kojeg je Papa primio prije smrti.
Pogreb pape Ivana Pavla II. po brojnosti treći je u povijesti nakon pogreba egipatskog predsjednika Gamala Abdela Nasera 1970. godine. Taj je sprovod pohodilo osam milijuna ljudi. Drugi najbrojniji sprovod bio je onaj iranskog ajatolaha Homeinija iz 1989. godine kada se okupilo pet milijuna ljudi.
S početkom Papina pogreba u svim hrvatskim gradovima oglasila su se crkvena zvona, a zvonjavu su u gradovima na obalama upotpunile sirene s brodova. Ministarstvo znanosti preporučilo je da se učenicima omogući gledanje pogreba pa su s radom stale mnoge institucije, škole, sveučilišta i trgovački centri.
Po praćenosti putem televizijskog prijenosa, sprovod pape Ivana Pavla II. svrstava se medu najgledanije televizijski prenošene događaje u povijesti. U cijelom Rimu bilo je postavljeno 25 video zidova na kojima se mogao pratiti Papin pogreb. U izravnom prijenosu pratilo ga je, prema nekim procjenama, oko tri milijarde ljudi u cijelom svijetu.
Papino tijelo pokopano je ispod Bazilike Sv. Petra u Vatikanskim špiljama, blizu groba Sv. Petra. Na istom mjestu bio je pokopan i papa bl. Ivan XXIII. Nakon što je beatificiran lijes mu je premješten na drugo mjesto uz ostale pape koji su proglašeni svetima ili blaženima. Iznad njegova groba kip je Bogorodice s djetetom, rad hrvatskog kipara Ivana Duknovića iz Trogira iz 15. stoljeća.
'OVO JE PRESTRAŠNO': Procurile privatne fotografije djece poznate pjevačice